One semester at ESTBB | courses in French

Biostatistics and bacteriology 1
Code: AI3IN2
Langue : français
Cycle : 1er cycle
CM : 32h | TD : 8h | TL : 76h

Objectifs et contenu

Biostatistiques

Ce cours présente les notions de base permettant de mieux comprendre le rôle des méthodes statistiques en recherche et de mieux interpréter les résultats d’études provenant de l’application de ces méthodes.

L’étudiant apprendra dans quelles conditions on utilise les théories de l’échantillonnage, de l’estimation et des tests à partir d’exemples concrets et acquerra un esprit critique par rapport aux formules et calculs utilisés.

Bactéries non exigeantes

Au terme de l’enseignement et des travaux pratiques concernant la microbiologie générale, les étudiants seront capables:

– de connaitre et d’identifier les bactéries non-exigeantes (notamment les familles des Micrococcaceae, Streptococcaceae, Enterobacteriaceae et autres bacilles Gram négatif).

– de savoir décrire pour chaque souche étudiée les critères de famille, de genre et d’espèces, décrire les méthodes de culture, réaliser une identification/diagnostic bactériologique en utilisant les techniques d’identification conventionnelle et en interprétant les caractères culturaux ou les tests réalisés.

Travaux en laboratoire (TL) : Les travaux en laboratoire ont lieu 3 après-midi par semaine pendant 8 semaines :
– Etude des genres Staphylococcus et Micrococcus
– Étude de la famille des Streptococcaceae
– Étude de la famille des Enterobacteriaceae
– Etude des genres Salmonella et Escherichia
– Études des genres Corynebacterium et Listeria
– Étude de la famille des Pseudomonadaceae et du genre Acinetobacter
– Séances de révisions

Prérequis

Notion de mathématique niveau lycée

Initiation à la Bactériologie niveau 1

Evaluation

Biostatistiques : Examen final

Bactéries non exigeantes : Examen Final ; contrôle continu TL

Bibliographie

·  Jean-Philippe REAU et Gérard CHAUVAT : Probabilités et Statistiques (Armand Colin)
·  Bernard LEGRAS : Eléments de statistique à l’usage des étudiants en médecine et en biologie (Ellipses marketing)

·  Daniel SHWARTZ : Méthodes statistiques à l’usage des médecins et des biologistes (Flammarion médecine sciences)

·  Bactériologie clinique de J.L.Avril, H.Dabernat, F.Denis, et H.Monteil.

·  Bactériologie médicale de Léon Le Minor et Michel Véron.

·  Bactériologie et virologie pratique J.Grosjean, D.Clavé, M.Archambaud et C.Pasquier

·  Bactériologie médicale. Techniques usuelles de F.Denis, MC.Ploy, C.Martin, E.Bingen et R.Quentin

Bacteriology 1 and 2
Code : AI3IN3
Langue : français
Cycle : 1er cycle
CM : 22h | TD : 0h | TL : 114h

Objectifs et contenu

Bactéries non exigeantes
Au terme de l’enseignement et des travaux pratiques concernant la microbiologie générale, les étudiants seront capables:
– de connaitre et d’identifier les bactéries non-exigeantes (notamment les familles des Micrococcaceae, Streptococcaceae, Enterobacteriaceae et autres bacilles Gram négatif).
– de savoir décrire pour chaque souche étudiée les critères de famille, de genre et d’espèces, décrire les méthodes de culture, réaliser une identification/diagnostic bactériologique en utilisant les techniques d’identification conventionnelle et en interprétant les caractères culturaux ou les tests réalisés.

Travaux en laboratoire (TL) : Les travaux en laboratoire ont lieu 3 après-midi par semaine pendant 8 semaines :
─ Etude des genres Staphylococcus et Micrococcus
─ Étude de la famille des Streptococcaceae
─ Étude de la famille des Enterobacteriaceae
─ Etude des genres Salmonella et Escherichia
─ Études des genres Corynebacterium et Listeria
─ Étude de la famille des Pseudomonadaceae et du genre Acinetobacter
─ Séances de révisions

Bactéries fragiles et antibiogrammes
Connaitre et savoir identifier les bactéries exigeantes (Genres Clostridium, Haemophilus, Neisseria, Bacteroides) et savoir :
─ décrire les critères de famille/de genre et espèces
─ citer les conditions de culture de bactéries anaérobies
─ décrire le pouvoir pathogène, décrire les méthodes de culture
─ réaliser une identification /diagnostic bactériologique en utilisant les techniques d’identification conventionnelle et en interprétant les caractères culturaux ou les tests réalisés.
Connaitre les différentes familles d’antibiotiques, leur mode d’action, et les différents mécanismes de résistance.
Connaitre les techniques d’études des antibiotiques (antibiogramme, détermination de la CMI et CMB, association d’antibiotiques)
Travaux en laboratoire (TL) : Les travaux en laboratoire ont lieu 3 après-midi (8h30) par semaine pendant 4 semaines :
─ Etude des genres Clostridium et Bacillus – Antibiogramme des cocci à Gram positif
─ Etude du genre Haeophilus et Neisseria – Antibiogramme de S. aureus
─ Etude du genre Bacteroïdes – Antibiogramme de Streptococcus et réalisation d’une CMI/CMB
─ Étude d’un mélange de germes et antibiogramme de Pseudomonas aeruginosa

Prérequis

Initiation à la Bactériologie niveau 1

Evaluation

Bactéries non exigeantes : Examen Final ; contrôle continu TL

Bactéries fragiles et antibiogrammes : Examen Final ; contrôle continu TL

Bibliographie

• Bactériologie clinique de J.L.Avril, H.Dabernat, F.Denis, et H.Monteil.
• Bactériologie médicale de Léon Le Minor et Michel Véron.
• Bactériologie et virologie pratique J.Grosjean, D.Clavé, M.Archambaud et C.Pasquier
• Bactériologie médicale. Techniques usuelles de F.Denis, MC.Ploy, C.Martin, E.Bingen et R.Quentin

Structural biochemistry and enzymology
Code : AI3IN4
Langue : français
Cycle : 1er cycle
CM : 22h | TD : 2h | TL : 56h

Objectifs et contenu

Biochimie structurale

Le cours porte sur l’étude de la structure et des propriétés physiques et chimiques des acides aminés et protéines afin de comprendre les principes des principales méthodes de séparation et de dosages de ces protides.

Ce cours est une ouverture vers la discipline en plein essor qu’est la protéomique.

Biochimie fonctionnelle (enzymologie)

Le cours permet d’expliquer le fonctionnement des enzymes michaeliennes et allostériques, et leur régulation afin de comprendre le phénomène de catalyse des réactions biochimiques.

Prérequis

Biochimie structurale :

Chimie organique : les principales fonctions et leur réactivité

Chimie de la matière : réactions acides-bases, notions d’acides faibles et de bases faibles

Biochimie fonctionnelle (enzymologie)

Thermodynamique chimique

Biochimie structurale et fonctionnelle des protéines

Evaluation

Biochimie structurale :  2 examens écrits, contrôle continu TL

Biochimie fonctionnelle : 1 examen final, contrôle continu TL, rapport TL et un examen final TL

Bibliographie

• Jacques-Henry Weil : Biochimie générale Cours et questions de révision, Dunod Éditeur 11ème éd., 2009.
• David L. Nelson, Michael M. Cox: Lehninger Principles of Biochemistry. Freeman, W. H. & Company Éditeurs, 7ème éd. 2017.
• David A Bender, Kathleen M Botham, Peter J Kennelly, Robert K Murray, Victor W Rodwell, Anthony Weil : Biochimie de Harper. De Boeck Supérieur Éditeur, 6ème éd., 2017.
• Donald Voet, Judith G. Voet : Biochimie. De Boeck Supérieur Éditeur, 3ème éd., 2016
• J. Pelmont : Enzymes Catalyseurs du monde vivant. EDP Sciences éditeur, 2ème édition, 1995
• J.-P. Siné Enzymologie et applications. Ellipses éditeur, 2010

Enzymology and technologies in biochemistry
Code : AI3IN5
Langue : français
Cycle : 1er cycle
CM : 38h | TD : 0h | TL : 73h

Objectifs et contenu

Enzymologie (Biochimie fonctionnelle)

Le cours permet d’expliquer le fonctionnement des enzymes michaeliennes et allostériques, et leur régulation afin de comprendre le phénomène de catalyse des réactions biochimiques.

Techniques d’analyses biochimiques

Acquisition des principes des techniques analytiques de bases pour la purification, l’identification et la quantification des molécules.

Prérequis

Thermodynamique chimique

Biochimie structurale et fonctionnelle des protéines

Evaluation

Enzymologie : Examen final ; contrôle continu TL

Techniques d’analyses biochimiques : Examen final ; contrôle continu TL

Bibliographie

• Jacques-Henry Weil : Biochimie générale Cours et questions de révision, Dunod Éditeur 11ème éd., 2009.
• David L. Nelson, Michael M. Cox: Lehninger Principles of Biochemistry. Freeman, W. H. & Company Éditeurs, 7ème éd. 2017.
• David A Bender, Kathleen M Botham, Peter J Kennelly, Robert K Murray, Victor W Rodwell, Anthony Weil : Biochimie de Harper. De Boeck Supérieur Éditeur, 6ème éd., 2017.
• Donald Voet, Judith G. Voet : Biochimie. De Boeck Supérieur Éditeur, 3ème éd., 2016
• J. Pelmont : Enzymes Catalyseurs du monde vivant. EDP Sciences éditeur, 2ème édition, 1995
• J.-P. Siné Enzymologie et applications. Ellipses éditeur, 2010
• AFNOR Norme NF ISO 5725-1/6 : Exactitude (justesse et fidélité) des résultats et méthodes de mesure.
• Feinberg M., Labo-stat, Guide de validation des méthodes d’analyse. Editions Lavoisier, 2009, 384 pages.
• Feinberg M., Mise en œuvre du profil d’exactitude, Les cahiers techniques de l’INRA, numéro spécial 2010 p27-44
• Francis Rouessac, Annick Rouessac, Daniel Cruché, Claire Duverger-Arfuso, et al. Analyse chimique
• Méthodes et techniques instrumentales Collection: Sciences Sup, Dunod 2016 – 8ème édition – 552 pages

Technologies in biochemistry, biostatistics
Code : AI3IN6
Langue : français
Cycle : 1er cycle
CM : 46h | TD : 8h | TL : 54h

Objectifs et contenu

Techniques d’analyses biochimiques

Acquisition des principes des techniques analytiques de bases pour la purification, l’identification et la quantification des molécules (chromatographies, electrophorèse, spectrométries)

Biostatistiques

Ce cours présente les notions de base permettant de mieux comprendre le rôle des méthodes statistiques en recherche et de mieux interpréter les résultats d’études provenant de l’application de ces méthodes. Comprendre dans quelles conditions on utilise les théories de l’échantillonnage, de l’estimation et des tests à partir d’exemples concrets et acquérir un esprit critique par rapport aux formules et calculs utilisés.

Français

Cours de français selon le niveau initial de l’étudiant

Prérequis

Notion de mathématique niveau lycée

Niveau 1 de chimie organique et de chimie de la matière

Evaluation

Techniques d’analyses biochimiques : Examen final ; contrôle continu TL

Biostatistiques : Examen final

Bibliographie

• AFNOR Norme NF ISO 5725-1/6 : Exactitude (justesse et fidélité) des résultats et méthodes de mesure.
• Feinberg M., Labo-stat, Guide de validation des méthodes d’analyse. Editions Lavoisier, 2009, 384 pages.
• Feinberg M., Mise en œuvre du profil d’exactitude, Les cahiers techniques de l’INRA, numéro spécial 2010 p27-44
• Francis Rouessac, Annick Rouessac, Daniel Cruché, Claire Duverger-Arfuso, et al. Analyse chimique
• Méthodes et techniques instrumentales Collection: Sciences Sup, Dunod 2016 – 8ème édition – 552 pages
• Jean-Philippe REAU et Gérard CHAUVAT : Probabilités et Statistiques (Armand Colin)
• Bernard LEGRAS : Eléments de statistique à l’usage des étudiants en médecine et en biologie (Ellipses marketing)
• Daniel SHWARTZ : Méthodes statistiques à l’usage des médecins et des biologistes (Flammarion médecine sciences)

Genetic Engineering 2, Virology
Code : AI4IN1
Langue : français et anglais
Cycle : 1er cycle
CM : 42h | TD : 10h | TL : 44h

Objectifs et contenu

Genetic Engineering 2 and virology

In this course, students will explore the molecular methods and applications of recombinant DNA technology and the issues regarding their use. They will specifically acquire essential knowledge about different methods of quantitative PCR, sequencing (from Sanger methods to high throughput sequencing) and cloning technologies.

During the virology courses, student will study viruses from their life cycle to their detections and pathologies.

Laboratory classes:  During the practical, students will be put into real lab situation in order to increase their understanding about the different technics seen during the lectures and to improve their technical abilities.  For example, they will perform cellular immunology / Western – Blot / DNA fragment cloning into a vector plasmid.

For the virology, they will be asked to do HIV serology / HIV identification by ELISA / confirmation of HIV serology by immunoblot.

Culture cellulaire et histologie

Le cours de culture cellulaire permettra aux étudiant d’acquérir les connaissances nécessaires pour réaliser cette technique de façon efficace.

Les cours d’histologie permettront aux étudiants de connaitre l’organisation des principaux tissus et les différentes méthodes pour les étudier.

Travaux en laboratoire (TL) :  Durant les TP de culture cellulaire, les étudiants se familiariseront avec le matériel de laboratoire spécifique (hottes à flux laminaire, incubateur, microscopie, etc.) et avec les techniques de manipulation courantes, en respectant les bonnes pratiques de laboratoire et les règles d’hygiène et de sécurité.  A l’issue de la formation, l’étudiant doit être capable d’effectuer toutes les manipulations attendues d’un cultivateur de cellules, comme l’entretien de cellules en lignée, le comptage, les tests sur différents supports, la maitrise de la stérilité et de la congélation.

Prérequis

Notion de génétique / Biologie cellulaire niveau 1

Evaluation

Genetic Engineering 1 and virology: Written exams, evaluation of group homework, Laboratory reports

Culture cellulaire et histologie: Examen final, contrôle continu TL

Bibliographie

• Albert et al. (2014). Molecular Biology of the Cell 6th edition. Garland Science.
• Albert et al. (2011). Biologie moléculaire de la cellule 5ème édition. Lavoisier.
• Primerose et al. (2001). Principles of Gene Manipulation 6th edition. Blackwell Science.
• Glick and Pasternak. (2003). Molecular Biotechnology, Principles and Applications of Recombinant DNA 3rd edition. ASM press.
• Reece (2004). Analysis of Genes and Genomes. Wiley.
• Ameziane et al. (2005). Principes de biologie moléculaire en biologie Clinique. Elsevier
• Buermans HPJ, de Dunnen JT. Next generation sequencing technology: advances and applications. Biochimica et Biophysica Acta. 2014. 1842: 1932-1941
• LUTHRA R, CHEN H, ROY-CHOWDHURI S, SINGH RR. 2015. NEXT-GENERATION SEQUENCING IN CLINICAL MOLECULAR DIAGNOSTICS OF CANCER: ADVANTAGES AND CHALLENGES. CANCERS (BASEL). 7(4):2023-36
• EMBL-EBI Train Online. EBI-Next Generation Sequencing Training Course. http://www.ebi.ac.uk/training/online/course/ebi-next-generation-sequencing-practical-course. Consulté le 21 décembre 2015
• Alberts, Johnson, Lewis, Raff, Roberts and Walter. Molecular Biology of the Cell 5th Ed. (2011)
• Knipe and Howley (2007). Fields Virology (Volume 1 and 2) 5th edition. Lippincott Williams and Wilkins
• Dimmock et al., (2001) Introduction to Modern Virology 5th edition Blackwell Publishing.
• Flint et al., (2009) Principles of Virology, 3rd Edition, ASM Press.
• HEUSSER, S., DUPUY, H.-G., 2000. Biologie animale, 2. Les grandes fonctions Dunod, Paris, 218 pp. ISBN-10: 2100040472 ; ISBN-13: 978-2100040476
• EXBRAYAT, J.-M., 2000. Méthodes classiques de visualisation du génome en microscopie photonique. Coll. « Techniques de Visualisation moléculaire », dirigée par G. Morel, Tec et Doc, EMN, Londres, Paris, New York, 182 pp. ISBN : 2-7430-0409-6, 85 E
• EXBRAYAT, J.-M., 2013. (Ed.) Histochemical and cytochemical methods of visualization. CRC Press Ed., Boca Raton London, New York, Washington, USA. I SBN 9781138199170

Metabolic biochemistry and computer science

Code : AI4IN2
Langue : français
Cycle : 1er cycle
CM : 32h | TD : 32h | TL : 16h

Objectifs et contenu

Biochimie métabolique

Au terme de ce cours, l’étudiant devra connaitre les grandes voies de dégradation et de biosynthèse des molécules biologiques (glucide, lipide, protéine) et leur régulation.

Informatique

Lors de ce cours, l’étudiant réalisera une application informatique interactive pour aider un utilisateur à reconnaitre et classer un échantillon dans un domaine de connaissance choisi.

Prérequis

Chimie organique et chimie de la matière

Biochimie structurale : glucides, lipides, protéines ; enzymologie

Evaluation

Biochimie métabolique : Examen final ; contrôle continu

Informatique : Contrôle continu

Bibliographie

• Biochimie – Tout le cours en fiches. Auteurs : Latruffe N., Bleicher-Bardeletti F. et Duclos B. ; Editeur : Dunod (2017)
• Biochimie – UE1 PACES. Auteur : Beaumont S. ; Editeur : Ediscience (2015)
• Biodégradations et Métabolismes – Les bactéries pour les technologies de l’environnement. Auteur : Pelmont J. ; Editeur : EDP Sciences (2005)
• Olivier Georgeon. Programmation VBA / Excel. Support de cours de première année. Disponible sur Moodle.
• Anne Caracache. Excel 5 pour Windows, Formation Rapide, Perfectionnement. Dunod, 1994.
• Jean-François Sehan. Excel 5 pour Windows, Macros Visual Basic, Formation Rapide, Perfectionnement. Dunod, 1995.
• Paul McFedries. Excel pour Windows 95, Secrets d’experts. SAM’S, 1995.
• Mikaël Bidault. Excel & VBA. CampusPress, 2002.
• Rob Bovey, Stephen Bullen, John Green, Robert Rosenberg. VBA pour Excel 2002 La référence du programmeur. CampusPress, 2002.

Placement/Internship in a laboratory
Code : AI4IN3
Langue : français
Cycle : 1er cycle
CM : 0h | TD : 2h (+) | TL : 0h

Attention la recherche de stage débute au semestre 3 et selon le choix de l’étudiant, il intégrera le parcours stage France ou stage International.

(+) L’accompagnement est réalisé en groupe mais également de façon personnalisé en entretien(s) individuel(s) et donc le nombre d’heure consacré à ce module dépendra de chaque étudiant

Objectifs et contenu

L’étudiant réalisera un stage de 14 semaines minimum dans le laboratoire de son choix, en France ou à l’international, afin de découvrir le monde du travail, mettre en pratique ses connaissances scientifiques et ainsi acquérir une expérience professionnelle.

Pour cela, l’étudiant sera accompagné en groupe et personnellement dans la recherche de son lieu de stage, et dans l’élaboration de son CV et de sa lettre de motivation. Ce travail a lieu lors de rencontres bimensuelles en groupe et individuelles de mise en place du projet personnalisé et du suivi.

Pour les préparer à cette expérience, un module de recherche bibliographique (2 h) en groupe de TD leur sera dispensé.

Les étudiants qui partent à l’international auront un stage d’interculturalité de 2 jours en anglais.

Prérequis

/

Evaluation

Stage : Evaluation du maitre de stage ; évaluation du rapport final

Recherche bibliographique : Contrôle continu

Developmental biology and applied immunology
Code : AI5IN1
Langue : français
Cycle : 1er cycle
CM : 29h | TD : 2h | TL : 4h

Objectifs et contenu

Biologie du développement

Ce module apporte des connaissances globales sur la biologie du développement, de la fécondation, gastrulation, implantation, à l’organogenèse afin de comprendre ces étapes cruciales dans le développement d’un nouvel être vivant.

Immunologie appliquée

Ce cours expliquera les réactions immunitaires (innée et adaptative) dans des perspectives de compréhension du développement du médicament.

Développement du médicament

Le développement du médicament permettra à l’étudiant de comprendre la phase de validation d’une hypothèse scientifique et les différentes phases cliniques avant une autorisation de mise sur le marché.

Travaux en laboratoire (TL) : production en haute densité d’un anticorps monoclonal

Prérequis

Base en immunologie

Evaluation

Pour chacun des cours : Examen final, contrôle continu

Bibliographie

• Immunologie – Le cours de Janis KUBY – 7ème édition – édition Dunod
• Atlas d’embryologie descriptive, Raphaël Franquinet, Jean Foucrier, Michel Vervoort, Livre
• http://www.chups.jussieu.fr

Technologies in biochemistry, biostatistics
Code : AI5IN1
Language : English
Cycle : 1er cycle
CM : 2h | TD : 0h | TL : 47h

Course learning goal

In this practical, students will work in pair during 4 weeks in a situation close to a real-work environment.  They will be asked to follow a detailed protocol, to refer to it and organize their work accordingly.

In this 4 weeks practical, they will learn:
– how to maintain two mouse embryonic fibroblasts cell lines. (divide them, count them, freeze and thaw them).

– how to introduce a vector coding for a gene in a mammalian cell. They will prepare a plasmid (pRGCdeltaFosLacZ), transfect cell lines with the plasmid, and induce the transfected gene with H₂O₂. The effect of treatment on the level of the tumor suppressor protein p53 will be observed at the protein level by Western blotting and its activity detected by looking at beta-galactosidase.

Prerequisite

Cell culture level 1

Evaluation

Coursework

Scientific written communication
Code : AI5IN3
Language : English
Cycle : 1er cycle
CM : 20h | TD : 0h | TL : 0h

Course learning goal

Students will provide three different types of scientific communication on a topic that has been selected with a tutor:

• a press article
• a scientific article
• a poster

Prerequisite

/

Evaluation

Coursework

Introduction to business
Code : AI5IN4
Langue : français
Cycle : 1er cycle
CM : 70h | TD : 8h | TL : 0h

Objectifs et contenu

A la fin de ce module l’étudiant devra:

– Savoir conduire un projet et s’organiser en mode projet

– Comprendre la propriété intellectuelle et connaître les outils permettant de protéger ses innovations techniques ou non

– Donner les bases réglementaires en Hygiène Sécurité Environnement (HSE)

– Connaitre la démarche qualité, des fondamentaux à la mise en place, audit et gestion de la qualité au laboratoire

– Connaitre les stratégies de marketing et développement durable

Prérequis

/

Evaluation

Examen final, contrôle continu

Bibliographie

• « Le kit du chef de projet », Hugues Marchat – Les éditions d’Organisation
• « Le guide du chef de projet », Tanguy le Dantec – Ed. Maxima
• « La boite à outils du chef de projet », Jérôme Maes – Dunod

Microbiology
Code: SVH3IN2
Langue : français
Cycle : 1er cycle
CM : 30h | TD : 10h | TL : 12h

Objectifs et contenu

Ce cours vise à acquérir des connaissances générales :

• sur les virus, leurs cycles de vie et le fonctionnement et la régulation de l’expression de leurs gènes, ainsi que sur les physiopathologies associées pour certaines familles de virus
• sur les techniques de laboratoire en virologie

Prérequis

Biologie cellulaire niveau 1

Evaluation

Examens terminaux ; Contrôles continus

Bibliographie

• Principles of Virology. Vol I: Molecular Biology, Vol. II: Pathogenesis and Control, (S.J. Flint et al., Third Edition, ASM Press 2015).
• Fields Virology, (Bernard N Fields; David M Knipe; Peter M Howley., Philadelphia: Wolters Kluwer Health/Lippincott Williams & Wilkins, Fifth Ed. 2007, Sixth Ed. 2013)
• Cann, Alan. Principles of molecular virology / Alan J. Cann. ELSEVIER. ISBN 978-0-12-384939-7

Plant physiology
Code : SVH3IN3
Langue : français
Cycle : 1er cycle
CM : 26h | TD : 12h | TL : 12h

Objectifs et contenu

A la fin de ce cours, l’étudiant devra comprendre les principaux aspects de la physiologie des végétaux supérieurs :
─ Connaitre les mécanismes de reproduction des Angiospermes
─ Connaitre les grandes structures des angiospermes et leur développement
─ Connaitre les grandes fonctions chez les plantes
─ La croissance de la plante : les facteurs de croissances et les transports

Autre activité : sortie sur le terrain pour mettre en lien différentes notions : Ecologie, géographie et botanique.

Prérequis

Biologie cellulaire niveau 1

Evaluation

Examen final ; contrôles continus

Bibliographie

• William G Hopkins, 2003, Physiologie végétale, Editions de Boeck, 514 pages
• Murray Nabors, 2008, Biologie végétale, Edition Pearson, 614 pages
• Raven, Evert et Eichorn, 2014, Biologie Végétale De Boeck, 781 pages

Advanced genetics
Code : SVH3IN4
Langue : français
Cycle : 1er cycle
CM : 26h | TD : 10h | TL : 12h

Objectifs et contenu

L’objectif de ce module est d’amener l’étudiant à aller plus loin dans la compréhension de la génétique
─       Comprendre les Mutations et des différents systèmes de réparation de l’ADN

─       Appréhender les Méthodes en biologie moléculaire

─       Comprendre l’épigénétique et les techniques associées

20h de travail en autonomie sont également alloués afin de réaliser différents travaux de communication scientifique (écrit, présentation oral et poster) afin d’amener l’étudiant à comprendre et réfléchir sur la thématique de l’épigénétique.

Prérequis

Génétique niveau 1

Evaluation

Examen final ; contrôles continus

Bibliographie

• Hamelin R. [Epigenetic changes and cancer]. Ann Pathol. 2009 Nov;29 Spec No 1:S17-8. doi: 10.1016/j.annpat.2009.07.020. Epub 2009 Oct 12. Review. French. PubMed PMID: 19887241.
• Nagy C, Turecki G. Transgenerational epigenetic inheritance: an open discussion. Epigenomics. 2015 Aug;7(5):781-90. doi: 10.2217/epi.15.46. Epub 2015 Sep 7. Review. PubMed PMID: 26344807.
• Burggren WW, Crews D. Epigenetics in comparative biology: why we should pay attention. Integr Comp Biol. 2014 Jul;54(1):7-20. doi: 10.1093/icb/icu013. Epub 2014 Apr 9. Review. PubMed PMID: 24722321; PubMed Central PMCID: PMC4133572.
• http://genet.univ-tours.fr
• Niemann-Pick C1 Disease: The I1061T Substitution Is a Frequent Mutant Allele in Patients of Western European Descent and Correlates with a Classic Juvenile Phenotype

Transdisciplinary skills – Project management
Code : SVH3IN5
Langue : français
Cycle : 1er cycle
CM : 48h | TD : 20h | TL : 0h

Objectifs et contenu

Ce cours a pour objectif d’apporter une connaissance globale sur l’actualité scientifique, développer une culture générale en Sciences de la Vie et dans le domaine des Humanités et d’élargir la réflexion sur différents sujets liés aux enseignements en Sciences de la Vie et en Humanités.

Ce module permettra à l’étudiant d’être actif dans sa démarche scientifique, en découvrant des méthodes pour suivre l’évolution des connaissances et à apprendre à travailler en groupe

Cet enseignement vise aussi à apporter aux étudiants une connaissance de la méthodologie utilisée dans les sciences humaines et ainsi à les familiariser avec l’écriture, la présentation orale mais aussi la manière de mener une réflexion.

Pour cela, les étudiants vont assister à une conférence ou une exposition ou une manifestation scientifique et/ou culturelle puis réaliser une présentation orale qui développe un des aspects de la conférence ou de l’exposition ou de la manifestation scientifique et/ou culturelle, à l’aide d’un document Power Point.
─       Présentation de la démarche

─       Restitution sous forme d’exposés en groupe

─       Exercice d’argumentation

─       Entretien de personnalité

─       Dissertation et commentaire de texte

Prérequis

/

Evaluation

Examen final ; contrôles continus

Humanities:
– History and epistemology of biology
– Natural and artificial

Code : SVH3IN6
Langue : français
Cycle : 1er cycle
CM : 53h | TD : 0h | TL : 0h

Objectifs et contenu

Histoire et Epistémologie de la biologie :

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Naturel et Artificiel :

Ce cours vise à acquérir une compréhension de ce que sont la nature et l’artifice et leurs relations, parfois difficiles à identifier aujourd’hui, tellement l’artifice semble impliqué dans la nature. Il suppose un détour préalable par la philosophie et l’histoire pour découvrir ce qu’a impliqué l’approfondissement et l’usage du concept de nature au fil des siècles, depuis l’antiquité grecque. Il implique un questionnement sur l’usage que nous faisons de la nature, les questions d’environnement et d’écologie, l’existence d’une nature humaine, l’artificialisation du corps humain. Les questions et réflexions des étudiants seront sollicitées sur les divers sujets abordés dans ce parcours

Prérequis

/

Evaluation

Examen final

Bibliographie

• Gaston Bachelard, La formation de l’esprit scientifique, Vrin, 1993
• Gaston Bachelard, l’eau et les rêves, essai sur l’imagination de la matière, Corti, 1985
• Jean-Pierre Changeux, l’homme artificiel au service de la société, Odile Jacob, 2007
• Catherine Larrère, Raphaël Larrère, Du bon usage de la nature. Pour une philosophie de l’environnement, Flammarion, 2009
• Franck Tinland, Systèmes naturels, systèmes artificiels, Champ Vallon, 2017

Advanced microbiology
Code : SVH4IN1
Langue : français
Cycle : 1er cycle
CM : 24h | TD : 12h | TL : 10h

Objectifs et contenu

Au cours de ce module, l’étudiant devra savoir :
─       Définir les principales interactions microbiennes avec un focus sur le microbiote intestinal

─       Définir le pouvoir pathogène bactérienne et connaitre le cycle de la maladie infectieuse

─       Connaitre les différents types de contrôle de la prolifération bactérienne

─       Connaitre l’action des différents antibiotiques

─       Evaluer la sensibilité d’une bactérie à un agent-antimicrobien

─       Connaitre les différents mécanismes de résistance aux antibiotiques

Prérequis

Microbiologie niveau 1

Bibliographie

• Partida-Martinez et al., 2007
• Marko Hyvärinen, et al., 2002
• Proc Natl Acad Sci U S A. 2004 Nov 2; 101(44): 15718–15723. The gut microbiota as an environmental factor that regulates fat storage
• La Recherche, 2016, n°515, p. 38-41. Menace mondiale sur la santé publique. Anne Debrolse
• Characterization of Resistance Patterns and Detection of Apramycin Resistance Genes in Escherichia coli Isolated from Chicken Feces and Houseflies after Apramycin Administration

Integrative cell biology
Code : SVH4IN2
Langue : français
Cycle : 1er cycle
CM : 30h | TD : 12h | TL : 10h

Objectifs et contenu

Ce cours permettra à l’étudiant:
─       D’acquérir des connaissances théoriques en biologie cellulaire.

─       De faire le lien entre la biologie cellulaire et les autres matières enseignées (biochimie structurale, métabolisme, immunologie, enzymologie, physiologie, biologie moléculaire, culture cellulaire).

─       De comprendre les techniques expérimentales utilisées en biologie cellulaire: Quel est leur but ? Comment interpréter les résultats obtenus suite à leur utilisation ?

─       De se familiariser avec la lecture d’un article scientifique.

Travaux en laboratoire (TL) : Western blot = Etude de la chaîne légère de myosine chez différents poissons, interprétation des résultats et rédaction d’un compte-rendu de TP.

Prérequis

Notions de biologie cellulaire (S1) et de biochimie structurale.

Evaluation

Examen final ; contrôles continus

Bibliographie

• Biologie. Raven, Johnson, Losos et Singer. De Boeck.
• Biologie moléculaire de la cellule. Alberts, Johnson, Lewis, Raff, Roberts et Walter. Flammarion.
• La PAES en fiches, Biologie cellulaire UE2. C. Favro et F. Nicolle. Hachette Supérieur.
• Cours de biologie cellulaire. P. Cau et R. Seïte. Ellipses.
• Biologie cellulaire. Y. Bassaglia. Maloine.
• Anatomie et physiologie humaines. E. Marieb. Pearson Education.

Metabolic biochemistry and enzymology
Code : SVH4IN3
Langue : français
Cycle : 1er cycle
CM : 20h | TD : 12h | TL : 12h

Objectifs et contenu

Biochimie métabolique :

Le cours permet d’expliciter les transformations biochimiques, moléculaires et énergétiques des principales molécules biochimiques (glucides, lipides et protides). Le cours est basé sur l’étude des séquences de réactions des grandes voies métaboliques (cataboliques et anaboliques).

Enzymologie :

Le cours permet d’expliquer le fonctionnement des enzymes michaeliennes et allostériques, et leur régulation afin de comprendre le phénomène de catalyse des réactions biochimiques.

Prérequis

Thermodynamique chimique

Biochimie structurale et fonctionnelle des protéines

Evaluation

Examen final ; contrôle continu

Bibliographie

• Biochimie – Tout le cours en fiches. Auteurs : Latruffe N., Bleicher-Bardeletti F. et Duclos B. ; Editeur : Dunod (2017)
• Biochimie – UE1 PACES. Auteur : Beaumont S. ; Editeur : Ediscience (2015)
• Biodégradations et Métabolismes – Les bactéries pour les technologies de l’environnement. Auteur : Pelmont J. ; Editeur : EDP Sciences (2005)

Humanities:
– Biological identity and cultural identity
– Scientific culture and societal challenges
– Business and humanism

Code : SVH4IN6
Langue : français
Cycle : 1er cycle
CM : 47h | TD : 0h | TL : 0h

Objectifs et contenu

Identité biologique et identité humaine :

L’identité humaine est fortement questionnée par les progrès du séquençage de l’ADN, et de la génétique, le brassage des populations, la reproduction médicalement assistée, le clonage, la place donnée au microbiote intestinal, etc. Or cette question relève également d’une recherche de définition anthropologique de l’’humain, en incluant les influences de l’environnement culturel, les représentations, les règles matrimoniales etc. le questionnement sur la différence homme/femme etc.

Ces différents points seront abordés afin d’amener l’étudiant à développer une réflexion personnelle et un esprit critique.

Culture Scientifique et enjeux sociétaux :

Nous contacter pour plus d’information

Entreprise et humanisme :

Nous contacter pour plus d’information

Prérequis

/

Evaluation

Contrôle continu

Contrôle final : épreuve écrite sur table

Bibliographie

• Coppens, Y. (dir.) Devenir humains, Autrement, 2015
• Descola P. (interview) http://www.larecherche.fr/savoirs/entretien/philippe-descola-monde-dela-nature-culture-01-04-2004-76561
• Ertzscheid, O. Qu’est-ce que l’identité numérique ? Open Edition Press, 2013
• Godelier, M., « Un homme et une femme ne suffisent pas à faire un enfant » http://recherche.univ-montp3.fr/cerce/r6/m.g.htm
• Halpern, C. Identité(s) – L’individu, le groupe, la société… Collectif. Sciences Humaines 2009
• Kundera, M. L’identité. 2013
• Laplantine, F., L’anthropologie, Payot, 2001
• Lévi-Strauss, Cl (dir). L’identité. Séminaire interdisciplinaire. Presses universitaires de France, Quadrige, 2010
• Morin, E. L’identité Humaine, L’humanité De L’humanité. La Méthode, Tome 5, Seuil 2001
• Serres, M., Pick, P., Qu’est-ce que l’humain ? Le Pommier, 2010

Cell technologies
Code : SVH6IN1
Language : français
Cycle : 1er cycle
CM : 22h | TD : 20h | TL : 10h

Objectifs et contenu

L’objectif est de donner une base aux étudiants des connaissances théoriques et pratiques globales sur les différentes technologies cellulaires actuelles.

L’étudiant devra connaitre les différents types de cultures (culture primaire, de lignées cellulaires, organotypique / culture en 2D ou 3D), les lignes directrices principales pour leur mise en application et leur intérêt.

Ces technologies cellulaires se sont aussi beaucoup développé dans le but de thérapies cellulaires et de ce fait, il est primordial de comprendre ce que sont les cellules souches embryonnaire, adulte, et induites iPS.

Le dernier point abordé sera les modifications génétiques des cellules en culture (pour but de recherche et/ou de production et/ou thérapeutique), avec un focus particulier sur la méthode CRISPR/Cas9.

Travaux en laboratoire (TL) :

Durant les travaux en laboratoire de culture cellulaire, les étudiants se familiariseront avec le matériel de laboratoire spécifique (hottes à flux laminaire, incubateur, microscopie, etc.) et avec les techniques de manipulation courantes, en respectant les bonnes pratiques de laboratoire et les règles d’hygiène et de sécurité.  A l’issue de la formation, l’étudiant doit être capable d’effectuer toutes les manipulations attendues d’un cultivateur de cellules, comme l’entretien de cellules en lignée, le comptage, les tests sur différents supports, la maitrise de la stérilité et de la congélation.

Prérequis

Biologie cellulaire avancée

Evaluation

Examen final ; contrôles continus

Bibliographie

• Thérapie cellulaire. Vainchenker, Reiffers ; JOHN LIBBEY ; 17 février 2005 ; ISBN 13 : 2742005595
• Biotechnologies végétales, Environnement, alimentation,santé. Yvette Dattée et Marc Fellous. Vuibert ; juin 2011.
• Les nouvelles biotechnologies en questions. Thierry Magnin. Salvator-Diffusion ; 2013.

Biotechnologies
Code : SVH6IN1
Language : Français
Cycle : 1er cycle
CM : 26h | TD : 12h | TL : 10h

Objectifs et contenu

Différents intervenants spécialistes dans chacune des biotechnologies abordées viendront présenter leur domaine d’expertise ce qui permettra à l’étudiant de :
─ Connaître les outils en cours de mise au point dans les laboratoires
─ Etre capable d’évaluer les perspectives d’applications dans le domaine animal et végétal
─ Savoir mener une réflexion sur les conséquences socio-économiques et bioéthiques des biotechnologies

Autre activité : Visite du centre de recherche BAYER

Prérequis

Biologie, écologie, génétique

Evaluation

Examen final ; contrôles continus

Scientific writting
Code : SVH6IN3
Langue : français
Cycle : 1er cycle
CM : 16h | TD : 12h | TL : 0h

Objectifs et contenu

Ce cours est une initiation au monde des médias. Il donne quelques clés pour apprendre :
─ à rédiger un article avec les techniques d’écriture journalistique
─ à vulgariser ses connaissances scientifiques
─ à s’exprimer dans les média ; réussir une interview, poser les bonnes questions
─ à animer un colloque
─ à distinguer le vrai du faux et à comprendre l’importance de la vérification et du croisement des sources d’information

Prérequis

/

Evaluation

Examen final, contrôles continus

Bibliographie

• Les petits soldats du journalisme, François Ruffin, Pluriel
• Les nouveaux chiens de garde, Serge Halimi, Liber-Raison d’agir
• Le monde libre, Aude Lancelin, LLL (Les liens qui libèrent), Prix Renaudot
• La machine à influencer : une histoire des médias, Brooke Gladstone (BD)
• L’empire de l’or rouge, Jean-Baptiste Malet (J’ai Lu), Prix Albert-Londres 2018
• Elles risquent leur vie, d’Anne-Claire Coudray, Liseron Boudoul, Marine Jacquemin et Anne Barrier, Edition Tallandier

Case study
Code : SVH6IN4
Langue : français
Cycle : 1er cycle
CM : 20h | TD : 4h | TL : 0h

Objectifs et contenu

L’objectif de ce module est d’acquérir:
─ Les compétences de la conduite de projet et de l’organisation en mode projet. Pour cela les étudiants travailleront en équipe et seront suivi lors de 4 réunions de pilotage.
─ Les outils permettant de protéger ses innovations techniques ou non, connaitre les brevets et savoir si son invention est brevetable.

Prérequis

/

Evaluation

Rapport écrit et soutenance

Bibliographie

• « Le kit du chef de projet », Hugues Marchat – Les éditions d’Organisation
• « Le guide du chef de projet », Tanguy le Dantec – Ed. Maxima
• « La boite à outils du chef de projet », Jérôme Maes – Dunod

Humanities: Health ethics | Know and believe | Art as a path to knowledge
Code : SVH6IN5
Langue : français
Cycle : 1er cycle
CM : 47h | TD : 0h | TL : 0h

Objectifs et contenu

Ethique de la santé :

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Savoir et croire :

Le sujet nous place au cœur du débat contemporain, car l’Évolution n’est pas une théorie tout à fait comme les autres. Elle impacte la société et la façon dont l’homme se pense aujourd’hui dans l’univers car elle parle de la vie, du hasard, du temps, des origines. L’intérêt de ce module pour l’étudiant est double. D’abord de réfléchir à la place de la science dans la société et la culture actuelle, et aux questions qu’elle pose, en croisant plusieurs disciplines et en respectant leur logique propre. Ensuite de continuer à se construire personnellement, grâce à l’apprentissage de l’argumentation et de la parole en public, dans un climat d’ouverture à la culture et au dialogue. La pédagogie de ce module se veut interactive sous forme d’exposés, de tables rondes, d’échanges, de sortie etc. Un travail à la maison sera demandé sous forme de fiche de lecture et de compte-rendu.

L’art comme chemin de la connaissance :

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Autre activité :  Sorties au musée : dimension esthétique

Evaluation

Examen final ; contrôles continus

Bibliographie

• Arnould Jacques, Darwin, Teilhard de Chardin et Cie. L’église et l’évolution, Desclée de Brouwer, 1996
• Bergson Henri, L’évolution créatrice, F. Alcan, 1907
• Clermont Philippe, Darwinisme et littérature de science-fiction, L’Harmattan, 2011
• Conry Yvette, De Darwin au darwinisme : science et idéologie, Congrès international pour le centenaire de la mort de Darwin, Paris-Chantilly, 13-16 Septembre 1982, Vrin, 1983
• David Patrice, La théorie de l’évolution. Une logique pour la biologie, Flammarion, 2011
• Delsol Michel, Darwin, le hasard et Dieu, Vrin, 2007
• Fortin Corinne, L’évolution à l’école. Créationnisme contre darwinisme ?, Armand Colin, 2009
• Lhôte Jean-Marie, Histoire du Hasard en Occident, Berg International, 2012
• Mayr Ernst, Histoire de la biologie. Diversité, évolution et hérédité, tome 2, De Darwin à nos jours, LGF/Le Livre de Poche, 1995
• Monod Jacques, Le hasard et la nécessité. Essai sur la philosophie naturelle de la biologie moderne, Seuil, 1970.
• Morange Michel, La vie expliquée ? 50 ans après la double-hélice, Odile Jacob, 2003.
• Morange Michel, La vie, l’évolution et l’histoire, Odile Jacob, 2011
• Moreel Jean-François R., Le darwinisme, envers d’une théorie, François-Xavier de Guibert/Œil, 2007
• Pichot André, Expliquer la vie, de l’âme à la molécule, éd. Quae, 2011.
• Tort Patrick, Darwin et le darwinisme. Que sais-je ? 2017.
• Zimmer Carl, Introduction à l’évolution : ce merveilleux bricolage, De Broeck, 2012.